关于本博
我爱搜集网是一个网站，但更准确的说是一个博客。本博博主 Michael Duan.
博主简介
2006年-2010年：华中科技大学材料科学与工程学院，工学学士；
2010年-2015年：华中科技大学材料科学与工程学院，工学博士，研究方向为计算材料学。
现任教于武汉某高校。
关于博客
本博客主要是博主博士期间写下的一些科研经验，总结了自己在科研中遇到问题的解决方案，以备再用或他用。
自知个人水平相当有限[绝非谦虚]，而且写博客时也未详尽考究，所以其中难免错漏之处。不过非常欢迎你能够指出，以便我进行更正。
已有 46 条评论
老师你好，我是一名研究生，我看到一篇您13年发的贴子，关于lammps输出模型如何导入MS的，里面提供的格式转换脚本我打开都是乱码情况，且每个都运行失败了，您看到留言可否联系下我，十分感谢。
你好，我也是要把MS建的模型导入到lammps，也是转换不成，请问您解决了吗？
ms-vesta-ovito-lammps 需要这几个软件更改一下格式
博主你好，我想请问利用MD计算固体的扩散系数时，应该取哪一段MSD进行拟合，求斜率呢。我计算出来的扩散系数在300K时比较合理，而在500K时就差了一个数量级
学长，请问下 这个read data 怎么一点开是就是404啊
师兄你好，我最近在做双层石墨烯的lammps测算binding energy，但我做好模型之后，在跑程序的时候出现Could not build neighbor list to calculate normals的问题，我是做dft计算的，所以lammps不太熟练，方便的话能否解答一下
感谢分享，帮助很大~
送人玫瑰，手留余香
lammps的dump vtk命令在使用时一直在提示unkonwn dump style
博主您好，一直在看您写的lammps翻译系列，看到您写的线膨胀系数程序，但是运行最后需要in.thermal.expansion，这个文件我没有，您方便发我一个吗？非常感谢您~
博主你好，我想请问一下，lammps计算中有没有计算步数的上限？谢谢。
还没有听说过
博主你好，我想计算热容，但是得到的结果和nist查到的结果有数量级的差别，趋势也不同，不知道是什么原因，想请博主给点指点
如果结果时同一势函数计算，就要检查你的，in文件了，还有势函数有时候也会存在一定的问题。
请问博主，我看到你分析的计算粘度的那个命令，那个直接出来的是什么数值，可以得到粘度吗直接？？？
博主，您好！我想请问下关于ti-al合金，常用的ti-al合金势函数有哪些及怎样选择，zope-ti-al-2003.eam.alloy的适用范围是否受温度的影响？有哪些因素影响势函数的选择？
博主，您好。请问在利用neb求解空位扩散势垒的过程中，如何构造final文件?能详细讲解一下吗？在很多网站上搜索过，但是没有一个准确的答案。麻烦您有时间能指导一下，不胜感激。
把手册中neb命令的介绍看看就会清楚的。
很感谢您的无私分享，正在学习的路上，祝您快乐
博主您好：
我想问问您那边有没有TB-SMA势函数或改进的具体过程或具体的文章都行，麻烦您发我一下，非常感谢。我邮箱2272657844@qq.com
没有，你自己google找下。
博主您好，对于LJ势的cutoff和其他两个参数有没有被比较广泛使用的数值，还是要根据自己的实验条件不断第去改和调试，有点像海底捞针阿
有一些方法和软件可以优化势参数，你可以去查查。
谢谢，老师！
博主，我想问下关于lammps中，不同的材料如Fe、Cu，驰豫时minimize各参数是怎么确定的，也就是前面两个分别关于能量和力偏差大小的指数如何确定？及它们的影响，谢谢您了
minimize的参数只要设置的足够小，影响就不大。
博主 能给我发下morse的势函数吗？我需要Ti-c,Al-c的作用力，我邮箱244294726@qq.com
抱歉，我也没有。请自行网络搜索。
博主您好，在哪里可以看到您的有关MEAM势的文章呢，麻烦您能不能发我邮箱呢513861106@qq.com
中国知网搜索：晶格反演修正型嵌入原子势
谢谢您！我是一个刚入门的研一学生，现在想自己编程实现渗碳体的力学研究。MEAM势中提到提到屏蔽函数如果给定Cmin和Cmax，则S值是定值。看文献有直接给出了铁的S值，但是目前没有找到碳的S值，我是要继续找还是编程序去计算？
还有您的文章中式2.46中有求和公式，其是从1开始求和的，那在哪结束呢？加到无穷大？
如果你使用2NN MEAM，Fe的Cmin和Cmax应该是有的。至于您提到我论文中的求和，是通过截断半径控制的。
博主您好，我看了您的晶格反演法拟合MEAM势Fe的势函数，我对这方面很有兴趣，我个人在尝试自己编程实现MD的计算，不知道您是否方便能将您的一部分拟合代码给我参考一下。
我拟合主要用的PSO算法，网站有提供下载。
http://www.52souji.net/matlab-code-of-particle-swarm-optimization.html
感谢您的回复，我正在尝试自己编写MEAM的程序，我看了您的毕业论文，其中有个 “参考结构下中每个原子的背景电子密度”由于我是初学者，基础薄弱，不能很好地理解这个概念，不知道您知道这个是什么意思么，我看有些文献好像直接把这个当作1。又或者是第一近邻原子数。
您好，我也有同样的疑问，不知道您是怎么处理rho0的，其计算公式和rhoi有什么不同？
在meam理论中，有一个“参考结构（reference structure）”的概念，是为了帮助计算对势（pair potential）。参考结构中每个原子都是在晶格格点上，所以每个原子的rho0都是一样的，其计算方法与rhoi类似。“在式（2.27）中，rhoi/rho0，即任意体系中某一原子的背景电子密度与参考结构中某一原子的背景电子密度的比值，大致可以反映出任意体系中该原子附近的原子结构与参考结构的偏离情况。”
感谢您的回复，对我很有帮助，在我自己编程计算X.W.Zhou的EAM势之后就想尝试MEAM势的计算，发现MEAM势的计算更为复杂。另外我利用X.W.Zhou的EAM势计算其受力与lammps使用相同势函数计算出来的力不能完全对应，我认为是lammps为了简化计算而列出Ndr，dr，Nrho，drho的分段数目不足，而我的是完全计算的力，不知道我的理解是否有误？
这个我不确定。以我的了解，X.W.Zhou的很多势开发都是基于lammps的，应该不会出现不兼容的问题。我建议你再细致的看看是不是哪里出错了。
好的，我再仔细看看lammps的manual和我自己的程序，虽然我坚信自己的程序是没问题的但是还是希望能够与lammps上的力对应上。再次感谢您的热心回复！
我不太明白你的疑问。
就是MEAM势能中的潜入能计算时，您的论文的21页公式（2.27）的rho0的物理意义我不是特别清楚，不知道您知道是什么意思么？