xyz文件格式简介

1. XYZ文件格式

xyz文件格式是一个非常常用的原子构型文件，能够被绝大多数的可视化软件支持，如VMD，VESTA等。其文件结构也非常简单。

一个xyz文件可以顺序存储多个构型。

2. XYZ文件格式举例

这里以一个例子具体介绍XYZ文件格式。

13
PdAu 13
Pd 103.65750 99.59250 101.62500
Pd 103.65750 103.65750 101.62500
Pd 101.62500 99.59250 99.59250
Pd 101.62500 103.65750 99.59250
Pd 101.62500 99.59250 103.65750
Pd 101.62500 103.65750 103.65750
Pd 99.59250 99.59250 101.62500
Pd 99.59250 103.65750 101.62500
Au 103.65750 101.62500 99.59250
Au 103.65750 101.62500 103.65750
Au 101.62500 101.62500 101.62500
Au 99.59250 101.62500 99.59250
Au 99.59250 101.62500 103.65750

其中：

第1行为原子个数
第2行为注释行
第3-15行为原子的类型与坐标。对于每一行，第一列表示原子类型，一般是用元素符号表示，但有时会以1,2,3等数字来标识，这样的文件可以被可视化软件重新打开，但是软件不知道原子类型了，所以也不能自动着色；后三列表示原子的笛卡尔坐标。

如果要在一个XYZ文件中包含多个构型，只需要接在其后面按着同样的格式输出即可。可视化软件打开时，只能显示第一个这样的多构型XYZ文件对于制作动画比较有优势。

3. XYZ格式文件优缺点

从上面的介绍可以看出，XYZ文件格式的最大优点就是文件格式很简答，这也是其缺点所在：因为它很简单，所以它不可能包含很多信息，比如晶胞的信息，而这在很多时候是需要的。那么这时就需要用到其他的文件格式。后面会再介绍。