【格式转换】vasp poscar结构转lammps结构文件

在计算材料学中,结构数据文件格式转换是很常见的事情,这里给大家推荐一个脚本可以轻松实现VASP POSCAR/CONTCAR到lammps的data file文件的转换。

功能简介

  • 实现VASP POSCAR/CONTCAR到lammps的data file文件的转换
  • 支持VASP4.6和5.2(包括原子类型)的格式
  • 支持分数坐标(Direct)和绝对坐标(Cartesian )
  • 支持非正交原胞

使用方法

  1. 把脚本VASP-poscar2lammps.awk下载下来,拷贝到你的当前目录(或者添加到系统路径中),修改权限为可执行(chmod +x)
  2. 使用如下命令完成转换
VASP-poscar2lammps.awk f.POSCAR > f.lammps

其中,VASP-poscar2lammps.awk为转换脚本名称,f.POSCAR为具有VASP POSCAR结构的文件的文件名,f.lammps为转换的LAMMPS结构文件的文件名。

下载

地址:百度网盘

一点说明

该脚本是使用awk,所以awk必须先在目录/bin下,如果在其他目录下,需要修改脚本的第一行。

另外,该脚本版权归原作者。如果侵权,请给我爱搜集网留言(http://www.52souji.net)删除。

参考来源:https://sites.google.com/site/pmitev/academic/vasp-poscar2lammps-awk

标签: 文件格式, lammps, 建模, vasp

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已有 12 条评论

  1. 尉啊

    请问这个转换对于原子数大于一千时需要多久能完成

  2. mys

    这个程序怎么计算原子数大于1000时,输出的数据不对啊

    1. 这个程序对原子数是没有要求的,所以你可以再检查是否在其他方面有需要注意的地方。

  3. mjt

    为什么这个脚本和我用ovito导出来的效果一样,用lammps运行的时候总是会报错说原子的格式不正确,我对比过用msi2lmp.exe导出来的data,用msi导出来2lmp的原子坐标那几列会多出来两列,不知道为什么会这样,博主能不能解答一下?

    1. 抱歉,你的问题太多细节,无法回答。

  4. Esther Liu

    我在输入 VASP-poscar2lammps.awk jp.vasp >delta.lammps 这项命令之后 出现bash:delta.lammps :权限不够 是为什么呢 delta.lammps.应该是将要创建的文件吧 权限也没法修改吧 请您指教

    1. 我爱搜集网博主

      要给文件赋予可执行权限,才能执行。
      chmod +x VASP-poscar2lammps.awk

      1. vaedhm

        你好,我在Ubantu15.04中运行时,在终端运行命令的时候,一直提示“未找到命令”,这是怎么回事啊?

        1. 小天

          你好 请问你这个问题解决了吗?我也遇到了,试了各种办法都不行。

          1. lammps学习啊

            我也是找不到命令呀

      2. Esther Liu

        这个是给予 VASP-poscar2lammps.awk 权限对吧,我按照chmod +x 方法做了 但是还是会出现这样的情况
        bash:filename.lammps: 权限不够

  5. 我爱搜集网博主

    网友albert dong fang反映在Ubuntu 14.0下,该脚本会出现错误。对脚本稍微修改后才可正常使用。我未经测试直接贴出他的解决方案,希望对其他网友有帮助。

    1、平方运算报错
    我是Ubuntu14.0的系统,在运行程序时,原始程序中会在计算平方的时候报错,如p_x**2,我将它修改成p_x*p_x,然后就可以了,具体原因不知道;

    2、循环错误
    源程序中,89行:for(i=1;i<=type[k];i++),这个语句导致不能将所有原子坐标转化,我运行时只转化了2个原子,应改为for(i=1;i<=natoms;i++),然后就正确了。