【LAMMPS翻译系列】write_restart命令

write_restart命令将模拟的当前状态写入到二进制的重启动文件中。

使用语法

write_restart file
  • file:要写入重启动信息的文件的文件名

使用举例

write_restart restart.equil
write_restart poly.%.*

使用介绍

该命令将模拟的当前状态写入到二进制的重启动文件中。

在一个耗时很长的模拟中,命令restart可以按着一定的周期写重启动文件,而命令write_restart可以在完成能量最小化之后,或者按着你的需要随时写出当前状态的重启动文件。

与命令dump类似,该命令的参数file中可以包括两个通配符。如果使用了“*”符号,该符号会被当前时间步的值代替;如果使用了“%”符号,那么每个处理器都会写一个文件,并且%符号会被处理器的ID代替(从0到P-1)。另外,还会有一个文件,文件名是用“base”代替“%”,其中包含了全局的信息。举例来说,如果使用通配符%,那么会写出的文件有restart.base,restart.0,restart.1,……,resta.P-1。使用这种通配符,会创建更小的文件,对于在并行机器中输出和后续的输入都是一种更快的方式。

写出的重启动文件可以使用命令read_restart读入,从而可以从一个特别的状态重新开始一个模拟。因为重启动文件是二进制的,因此在其他的机器上可能就不可读(二进制文件是依赖于机器的)。在这种情况下,可以使用tools目录下提供的restart2data程序将重启动文件转换为文本式的data file格式。命令read_restart和工具restart2data都可以读入由通配符%指定而输出的文件。

注意:尽管重启动文件的目的是要从写入重启动文件的位置开始一个模拟,但对一个模拟而言,并不是所有的信息都会存储在重启动文件中。举例来说,原输入脚本中指定的fix命令不会存储在重启动文件中,这就要求你在新的输入脚本中需要重新指定你需要用到的fix命令。即便有些重启动信息存储在了文件中,就像某些fix命令,你仍然需要在新的输入脚本中进行定义,从而可以重新使用这些信息。参考命令read_restart了解更多关于存储在重启动文件中的信息。

使用限制

该命令要求在写入重启动文件之前进行处理器间的原子迁移。这就意味着在使用这个命令之前,你的系统需要准备好要进行模拟(即完成了力场设置、原子质量初始化等等)。

相关命令

restart, read_restart, write_data

标签: lammps, lammps翻译

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