【LAMMPS翻译系列】delete_atoms命令

delete_atoms命令用于删除指定的原子。

使用语法

delete_atoms style args keyword value ...
  • style = group or region or overlap or porosity
      group args = group-ID
      region args = region-ID
      overlap args = cutoff group1-ID group2-ID
        cutoff = delete one atom from pairs of atoms within the cutoff (distance units)
        group1-ID = one atom in pair must be in this group
        group2-ID = other atom in pair must be in this group
      porosity args = region-ID fraction seed
        region-ID = region within which to perform deletions
        fraction = delete this fraction of atoms
        seed = random number seed (positive integer)
  • keyword = compress or mol
  •   compress value = no or yes
      mol value = no or yes

使用举例

delete_atoms group edge
delete_atoms region sphere compress no
delete_atoms overlap 0.3 all all
delete_atoms overlap 0.5 solvent colloid
delete_atoms porosity cube 0.1 482793

使用介绍

该命令用于删除指定的原子。具体来说,你既可以使用该命令在块体材料中创建空洞(译注:比如空位缺陷等等),也可以删除彼此相距较近的原子(比如晶界附近的原子)。

group类型:所有属于该组的原子会被删掉。

region类型:所有在该区域中的原子会被删掉。如果某分子中有原子在该指定区域,那么属于这个分子的所有原子都会被删掉。参考下面对mol关键字的介绍。

overlap类型:在指定的组中查找距离小于指定截断距离的原子对,将其中一个原子删掉。原子对中的第一个原子应属于第一个指定的组,第二个原子属于第二个指定的组。被删掉的那个原子是第一个组中的。

两个组使用相同的ID(比如使用all),或者某些原子同时属于这两个组(译注:两个组在定义上有交集)也是可以的。在这种情况下,这对原子中的任何一个都有可能被删除。对于这种特殊情形,可以确保的是在删除操作结束后,所有原子间的距离都满足要求,即不小于截断指定的截断距离,但不能确保删除的原子数目是最小的,或者在使用不同数量的处理器时,删除相同的原子。

porosity类型:删除指定区域内指定比例的原子。举例来说,如果fraction设置为0.1,那么就会删除10%的原子。删除的原子是随机选取的。程序不能保证绝对精确的删除比例,也不能保证在运行不同数量的处理器时,删除相同的原子。

compress关键字:如果设置为yes,那么指定原子被删除之后,剩下原子的ID会从1开始重新编号。对于分子系统,可以忽略该关键字的作用,因为重新对ID进行编号会搞乱原来原子间键的连接。

mol关键字:如果设置为yes,那么属于该分子的任何一个原子被删掉了,所有属于该分子的原子也会被删掉。该关键字只对region类型有效。这样做可以确保整个分子都被删掉,而不是一部分原子,否则就会很容易因为剩下原子的键、角、二面角的相互作用而造成运行出错。

使用限制

overlap类型需要处理器间通信以获取镜像原子来建立邻域列表,这就意味着你在使用该命令之前,已经完成了模拟所需的其他命令的设置(如力场、原子质量等)。又因为查找重叠的原子需要用到领域列表,所以你必须定义pair_style,并且其中所指定的截断距离要大于或等于overlap类型中指定的截断距离。

如果定义了special_bonds,并且参数都设为0,那么成键的原子对 (1-2, 1-3, or 1-4) 就不会出现在邻域列表中,因此也就不会被指定为overlap类型的命令删除。这样考虑是合理的,因为你大概不会希望将成键的原子对中的一个原子。

相关命令

create_atoms

默认设置

compress=yes, mol=no

标签: lammps, lammps翻译

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