【LAMMPS翻译系列】compute_modify命令
compute_modify命令用来修改过之前定义过的compute命令的一个或多个参数。
使用语法
compute_modify compute-ID keyword value ...
- compute-ID = 需要修改的compute命令的ID
- 可以添加1个或多个关键字
- keyword = extra or dynamicorthermo
- extra value = N 要减掉的自由度的数量
- dynamics value = yes or no计算温度的时候是否重新计算原子数
- thermo value = yes or no是否考虑fix命令计算的势能对总势能的贡献
使用举例
compute_modify myTemp extra 0 compute_modify newtemp dynamic yes extra 600
使用介绍
该命令用来修改过之前定义过的compute命令的一个或多个参数。只有某些特定类型的compute命令支持修改参数。
关键字extra用来指定在计算温度时，减掉几个自由度作为规范化因子。[原文：The extra keyword refers to how many degrees-of-freedom are subtracted (typically from 3N) as a normalizing factor in a temperature computation] 只有那些可以计算温度的compute命令可以使用该选项。The default is 2 or 3 for 2d or 3d systems which is a correction factor for an ensemble of velocities with zero total linear momentum.
如果你需要增加自由度，那么你可以将extra设置为负值。命令compute temp/asphere就是这样的一个例子。
关键字dynamic决定在使用compute命令计算温度的时候，是否重新计算组内的原子数N。只有那些可以计算温度的compute命令可以使用该选项。默认情况下，N是一个常量。如果你将一些原子添加到了系统中（比如使用命令 fix pour or fix deposit），或者可能存在原子的丢失（比如由于蒸发），那么这个选项可以确保在计算的温度是规范化的。
关键字thermo决定是否将一些fix命令计算的势能加入到该compute命令计算出的总势能中。目前只有类型名为pe的compute命令可以使用该选项。
相关命令
默认设置
默认情况下，对于2d系统，extra=2，对于3d系统，extra=3。dynamic = no。如果定义了compute pe，并且没有关键字extra，那么thermo就是yes，否则是no。
