【LAMMPS翻译系列】boundary命令
boundary命令用来设置模拟盒子的边界条件。
使用语法
boundary x y z
x,y,z可取p/s/f/m中的一个字母或两个字母的组合。
- p:周期性边界条件periodic
- f:非周期性固定边界条件fixed
- s:非周期性包覆边界条件shrink-wrapped
- m:非周期性包覆最小值边界条件minimum value
使用举例
boundary p p f boundary p fs p boundary s f fm
使用介绍
设置模拟盒子沿着各个方向的边界条件。单独的一个字母会将模拟盒子沿着某个方向的两个面设置为一样的边界条件。两个字母会将这两个面分别设置为不同的边界条件。模拟盒子的初始尺寸是由命令read_data,read_restart或create_box命令设置的。
p代表周期性边界条件,就是说原子在跨越模拟盒子的边界时,会从盒子的另外一边再进入盒子里。设置为周期性的方向的盒子尺寸是可以通过常压边界条件或盒子变形(参考命令fix npt 和 fix deform)而发生改变的。p必须同时用在某个方向的两个面上。
f/s/m都将模拟盒子定义为非周期边界条件,就是说原子在穿越边界时不会再从盒子的另一面再进入盒子里。
- f是将所对应的面设置为固定的。如果原子从这个面移动出去了,那么这个原子就丢失了。
- s是将所对应的面设置为浮动的,不论原子在那个方向上移动到哪里,都会通过调整所对应的面的位置而将原子包围在盒子里。
- m是在s的基础上定义的,虽然包覆原子的行为会发生,但却被限制在一定的范围内。这个限制值是通过数据文件或重启动文件或命令create_box设置的。举例说明:如果在数据文件中设置了z的正方向为50.0,那么即便模拟盒子在z的正方向上的最大值变的比50.0小,z正方向上的这个面也只会在50.0或者其上的位置上。
对于非正交模拟盒子,如果倾斜因子的第二个维度(比如xy的y方向)是周期性的,那么在执行周期性的时候会强制倾斜因子带来的偏移。如果第一个维度是包覆型的(即s或m),那么包覆是针对倾斜面而言的。举例来说,对于一个正的xy倾斜因子,模拟盒子的xlo面和xhi面就是沿着+y方向进行倾斜的面。这些倾斜面决定了模拟盒子在x方向的范围,原子也是被包覆在这些倾斜面内。[译注:本段建议参考原文]
使用限制
该命令需要在定义模拟盒子(使用命令read_data或create_box或read_restart)之前使用。
参考命令change_box介绍如何改变模拟盒子的边界条件。
对于二维模拟来说,z必须设置为周期性。
相关命令
命令thermo_modify有关于丢失原子的介绍
默认设置
boundary p p p
已有 4 条评论
这里的使用注意事项是不是错了啊?应该是使用在read_data或creat_box命令之前才对吧?This command cannot be used after the simulation box is defined by a read_data or create_box command orread_restart command.手册里这么写的。
谢谢提醒,已经修正。
顶个。很受益。楼主 有没有整理的WORD 共享一下 好挑选一些打印看看。不然每个命令都要重开网页。有点麻烦呢。
谢谢你的建议!这个需要时间~~ :)