可视化软件atomeye简介、使用方法及常用快捷键
atomeye是一款小巧的、功能强大的可视化软件，由 李巨 开发（据说是其博士期间苦于没有很好的可视化软件而开发的）。
1. atomeye的优势
- 可以轻松可视化原子数在百万级的体系（目前，我还没有发现其他的可视化软件能够做到如此）；
- 程序小巧，仅仅4M；
- 无需编译，直接运行（这个可能未必算优点）；
- 可以远程在终端下打开；
- 功能强大，渲染效果很不错；
- 免费。
2. atomeye支持的文件格式
atomeye目前只支持两种文件格式：CFG格式（包括标准CFG和扩展CFG格式）和PDB格式。
对CFG格式的支持更加完美，所以建议使用CFG格式。
3. atomeye下载
可以前往右边页面下载：http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/#download
- i686 Linux
- Alpha Linux GLIBC2.1
- Sgi Irix
- Sgi Irix64
- Sun Solaris
- HP UX
- Windows with Cygwin / X (README.txt)
- Alpha Tru64 UNIX
- Mac OS X (v10.4 and before, v10.5 "Leopard") with Darwin (see A, B, C for button issues)
4. atomeye使用
下载到的atomeye文件名为 A.i686，我一般会把文件名改为 atomeye，更直观：然后赋予atomeye可执行属性。
$ mv A.i686 atomeye $ chmod +x atomeye
另外，建议将atomeye添加到系统路径，这样就可以在任意目录下均可以直接使用atomeye命令调用。
假如你当前的系统是linux系统（而不单单是一个linux终端），你的atomeye装在远程的主机上，那么你只需要使用 -Y 参数连接ssh，那么你可以实现在终端上运行atomeye。
$ ssh -Y servername $ atomeye DNA.cfg
atomeye会打开如下图所示：
5. atomeye常用命令
atomeye的功能很强大，这里只列举部分常用功能。
| 快捷键 | 功能描述 |
|---|---|
| F10 | 重新加载当前文件 |
| B | 切换是否显示键 |
| D | 改变背景颜色 |
| F | 根据原子ID查找并显示原子信息 |
| I | 调整模拟盒子边框显示模式 |
| J | jpg格式截图 |
| K | 根据原子坐标关系对原子上色 |
| L | 切换到正常的原子颜色 |
| O | 切换到最初的原子颜色（对个别原子改变颜色后） |
| P | png格式截图 |
| Q | 退出窗口 |
| U | 将视图放正 |
| Y | 自动连续产生图片 |
| , | 显示过去单击的两个原子间的距离 |
| TAB | 一般视图与透视图切换 |
| Insert/Delete | 显示下一个文件 |
| Home/End | 增加/减少键半径 |
| Pageup/PageDown | 增加/减少原子半径 |
| Right/Left/Up/Down | 绕轴旋转 |
| Ctrl+Insert/Delete | 显示第一个/最后一个文件 |
| Ctrl+Left-click | 改变选中一个原子/键的颜色/半径 |
| Ctrl+Shift+Left-click | 改变选中一类原子/键的颜色/半径 |
| Ctrl+Right/Left/Up/Down | 平面内移动视图 |
| Ctrl+Shift+Up/Down | 放大/缩小视图 |
| Shift+Up/Down | 平面内顺时针/逆时针旋转视图 |
| Shift+Left/Right | 向前/向后推进截平面 |
| Shift+[0-9,a-f] | 创建截平面 |
| Shift+CapsLockOn+[0-9,a-f] | 删除截平面 |
| CapsLockon+Right/Left/Up/Down | 在周期性边界条件下移动对象 |
更多关于atomeye的信息，可以访问：http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/
已有 9 条评论
请问如何将atomeye添加到系统路径呢？我添加到 /usr/bin/下面调用还是不成功
这是linux的功能，如果你没有root权限，是不能添加到/usr/bin下的，可以放在自己目录下的bin目录，当然，需要把bin添加到系统环境中。
楼主怎么在windows下安装atomeye啊
windows下不能用atomeye，至少现在还不能。
你好，我按了y只输出了一张图片怎么办？
看一下当前目录下是否尝试了文件名为scr_anim的文件？
我现在正研究atomeye下面的voronoirize建立多晶方法。http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/utils.html#voronoirize 上面有这样一句；% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg
我现在已经有FCC10x10x10.cfg 了想得到FCC10x10x10-voronoirized.cfg
不知道这句话“；% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg
”在哪里输入才能得到我想要的结果。
voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg
这是一个linux命令行，在你准备好 FCC10x10x10.cfg 文件和可执行程序 voronoirize 后，你只需要根据你的需要输入其他参数就可以了。
请问可执行程序 voronoirize需要安装吗还是怎么弄？