lammps输出的模型如何导入MS中建模

前面我已经介绍了如何将MS(materials studio)建立的模型导入到lammps中。

参考:Materials Studio构建的模型如何导入lammps?

这里提出一个相反的问题:如何将lammps输出的模型再反过来导入到MS中呢?

一般lammps的dump命令输出的数据文件格式有三种:dump格式、xyz格式和cfg格式。

  • dump格式是lammps自己定义的,并不具有通用性,是很难转换成其他通用格式的。
  • xyz格式虽然很通用,但包含的信息却不完整,丢失了晶胞的信息。
  • cfg格式也不是一种通用格式,但因为有一些现成的程序可以帮助转换,所以使用起来还比较方便。

所以,这里面实际上是借助cfg格式作为桥梁,进行格式转换的。

总的思路是:lammps输出cfg格式 →pdb格式 → 导入ms建模

一. lammps输出cfg格式

按着lammps中dump命令的格式要求输出即可,如下:

dump 1 all cfg 100 dump.snap.*.cfg id type xs ys zs

有时需要辅助dump_modify命令,用来设置其中的元素类型。

二. 转换成pdb格式

cfg格式是李巨提出来的,他也提供了cfg转换成pdb的脚本(非开源)。

linux版下载地址:cfg2pdb  | 更多下载

使用很简单,如下即可完成转换:

$ cfg2pdb input.cfg output.pdb

三. 导入MS完成建模

将转换完成的pdb文件用MS打开即可完成建模。如果看到模型有点不对,可能需要先进行build crystal操作,如下图所示。

pdb文件用MS打开

这样就实现了lammps输出文件到MS的无缝连接。

标签: lammps, 建模, Materials Studio

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已有 13 条评论

  1. 1223

    你好为啥这个脚本老师运行不了,也不报错,一直处在卡死状态

    1. 这个方法有点旧了,现在应该可以直接用ovito软件,不需要复杂的转换了。

      1. shanks2017

        老师,能不能说的详细点啊,我最近在做将lammps输出的模型导入MS中建模,琢磨好久了,都没做出来。现在可以直接用ovito软件,不需要复杂的转换了是啥思路?

      2. 不爱说教

        新手请问楼主能否说的详细一些?谢谢

        1. shanks2017

          你好,你也遇到这个问题了吗?解决了吗?

  2. csu-304

    在ubntu下提示程序cfg2pdb尚未安装,请问如何解决?

    1. 这属于linux操作,需要赋予可执行权限。

  3. 小白

    这个cfg2pdb的后缀怎么不是.rpm,我安装不了,请问怎么解决呀

    1. 这个是已经编译好的程序,是由MIT的李巨教授提供的,这里只是一个链接。具体使用,还请参考他的网页。

  4. 李传勇

    博主,您好,请问:cfg2pdb脚本怎么在linux系统上运行,是不是需要安装在linux上,怎么安装呢

    刚刚接触,新手,谢谢

    1. 您好,能不能帮忙发一份cfg2pdb软件给我,我现在下载不了,以前的软件不见了,麻烦你了QQ:982330650

  5. 刘柱

    亲测cfg2pdb脚本对于复杂体系不起作用,例如molID显示不正确

    1. 我爱搜集网博主

      谢谢提醒!那我觉得一个比较简单可行的思路就是自己编写脚本,将dump格式或cfg格式转换成POSCAR,再使用VESTA软件转换成cif,然后可导入MS。