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博主您好，我在用lammps计算一个161616区域内的原子的rdf曲线，之前计算的是整体的rdf，现在我想计算其中某个原子的周边原子对该原子的rdf曲线，所有原子都是一样的，我尝试修改compute rdf命令，但是一直报错，是不是我的想法有问题
老师，你好，我最近在做有关激光辅热加工石英玻璃的仿真，有两个问题请教一下：
1：我想设置一个随时间变化的热源，我考虑用region 加上move，你看可行吗？
2.：有关于fix heat 这个命令，我想用它模拟激光强度，您看可以吗？
你好，我最近也在用fix heat 模拟激光，有些问题向请教一下，请问可以加一下qq吗 ？谢谢啦
老师，您好，我刚开始接触这个软件，现在想用这个软件计算Cu的不同晶界类型的晶界能。可是现在我不知道要怎么构建不同的晶界类型（对称晶界、非对称晶界、扭转晶界），甚至也不清楚要用什么来算晶界能？请老师帮帮我。(ps:想用的是双晶模型及Born-Von Karman 3D periodic boundary conditions)
2NN MEAM势函数如何在短程部分用ZBL修正，我看很多文献都用这个势函数与ZBL函数耦合，我想用这种势函数来做辐照级联，但是短程部分我一直弄不好，想请问下大神
谢谢
我也想了解这类问题。还请老师 指教
老师您好：请教您一个问题，就是我要计算一个不规则形状的气泡的体积大小，能用 compute voronoi/atom command 这个命令，然后再对它们进行求和吗？万分感谢！！
抱歉，没有处理过这类问题，请在网络上搜索。
博主，能不能用matlab写一个键角分布函数的统计的程序，大致是通过循环找到离Si原子最近的两个O原子坐标，这样计算这三个原子之间的距离a，b，c，再通过余弦定理求得夹角，对lammps中的数据做处理！！
这个还是请自行解决吧。
希望博主可以用matlab写一个键角分布函数的统计的小程序
博主好，新手入门，想重复别人论文里的孪晶例子，这里建模使用lammps建模还是其他软件更方便？我在官网找到了一个晶界生成的例子，是不是用这个例子就可以？另外，如何在模型中建立椭圆形孔，我只在手册里找到了圆柱形孔的建模方法，求教，非常感谢！
可以通过编程实现复杂模型的构建。
我在进行多晶钛铝合金模型替换原子时，发现可以用Nb替换一定比例的Ti原子，但是没法用Nb替换一定比例的Al原子，这是什么呢
抱歉，你的描述不够准确，无法帮助到你。
博主，你好，我在使用read_restart命令时，一遇到minimize或run命令就会出现错误：Atom sorting has bin size = 0.0，这怎么解决呢？看了手册的解释也看不懂，不太明白
博主不用麻烦了，我解决了，是势函数的问题，我写的这个势函数写不到restart文件中，很感谢博主这个平台
博主好：
流体在壁面上滑动，使用lammps dump输出fx，这个数据是不是可以当做流体与壁面间的摩擦力，或者说壁面上所有原子在流动方向上的原子力fx（fz或者fy）的加和？应该怎么处理这些数据
老师， 金属构建粗糙表面，粗糙度由正弦函数的周期和幅度来构建，应该怎么用variable指令，或者有其他方式构建
这个有点难度，使用lammps提供的命令实现起来会有些麻烦。建议使用专业的建模软件完成建模，再导入lammps。
博主好：
用lammps剪切滑移，上板施加压强0.5MPa，压缩后，输出数据压强不是为0.5mpa左右，要什么指令实现控压。
抱歉，我没有太多涉及到这方面到工作，不太了解～
我们建立模型，通过模型优化后，充分驰豫达到相对平衡，上固板施加压力，压缩完成后，在上下固壁板施加沿x方向相反剪切速度运动v，使液体受到剪切作用。fix move或者velocity指令进行运行，还是没能实现剪切，只能看到模型上下板沿x方向微量运行，剪切很不明显。还有data文件力场参数也更改过了，也是一样的效果。同时润滑剂分子健混乱，需要怎么处理这些问题。
"Changing velocities of atoms in rigid bodies. "
"This has no effect unless rigid bodies are rebuild");
老师，为什么一用fix rigid 命令就会提示警告，要怎么处理
这个命令我没用过，你再多读读manual
老师请问，模拟驰豫10w步再拉伸20w步后通过write_restart生成一个tmp.restart300000中断后，想要用read_restart继续运行时，应变strain的量又从0开始了，怎样设置才能使应变strain接着拉伸20w步后的应变继续变化
老师，今天出了个错误：ATom sorting has bin size=0.0，需要用到atom_modify sort这个命令及style，看手册不是很懂什么关于空间整理或者说是原子重排，能解释下吗
sort应该就是对原子的ID进行排序。
博主你好，manual中写到set命令可以有替换原子的功能，如果想在晶体A中的空位填入原子B（占据1个或2个空位），该如何实现呢？因为手册中的"type/fraction values = type fraction seed, type = new atom type, fraction = fraction of selected atoms to set to new atom type"只是说按照百分比填入新的原子。请指教，谢谢~
可以尝试create_atoms命令。
note that if your simulation will tilt the box, e.g. via the fix deform command, the simulation box must be defined as triclinic, even if the tilt factors are initially 0.0，
老师我是做拉伸时用到的fix deform命令，但没有定义模拟box为triclinic，从手册中所写的也就是最开始那句英文（来自read_data命令，第1185页）来看，是不是有问题呢?
If fix deform changes the xy,xz,yz tilt factors, then the simulation box must be triclinic, even if its initial tilt factors are 0.0.
http://lammps.sandia.gov/doc/fix_deform.html
看这段，感觉只有当盒子需要倾斜的时候，才需要特别将盒子定义为triclinic。
老师，势函数中的截断半径的值能从势函数文件中直接得到吗？还是怎样得到
要看是什么势，比如EAM势的截断在文件中就有，不需要设置。
博主，你好，我研二，主要是用分子动力学做关于碳纳米材料的摩擦。最近我想建一个三维正弦的金刚石表面，我发现用MS建模很难建成正弦的形状，请问博主，lammps有没有语句可以实现这样的表面？
lammps自带的建模功能更弱。一般还是通过建模软件建好，再导入lammps比较方便。
谢谢博主，我的问题已经解决了。