如何使用atomeye将lammps的模拟结果做成视频动画

有些时候,会希望将lammps分子动力学模拟的过程制作成动画,这样展示起来会比较形象直接。那么如何做到呢?

方法并不唯一,这里介绍如何使用atomeye软件将lammps的模拟结果做成视频动画。

至于atomeye软件,这里就不做过多介绍,不了解的可以翻看我之前写过的博文:

1. 输出cfg文件

在lammps中使用dump cfg命令,输出一些列的cfg格式的文件。

这里的每一个文件就代表要做成的动画中的一帧,所以如果你希望动画比较连续,可以把输出的频率设大一些。

命令的使用方式如下所示:

dump 2 inner cfg 10 dump.snap.*.cfg id type xs ys zs

2. cfg文件转jpg图像文件

使用atomeye软件打开上面输出的这一些列cfg文件中的第一个,调整构型到一个合适的姿态,然后按‘y’,atomeye就会以相同的姿态,依次输出各个构型的jpg图片。

在atomeye输出的过程中,看上去就已经是在播放动画了。

3. 将jpg图像合成视频动画

图像合成视频的方法也很多,这里推荐大家使用movgear软件合成。

该软件使用起来非常傻瓜,可以很容易将一些列图片合成gif动态图片。网上很容易下到,这里暂时不提供下载。

这样就完成了视频动画的制作啦!

标签: lammps, atomeye

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